柴犬怎么就知道是病毒感染？
这个判断依据，来自于2011年日本一个研究团队发表在《Science》上的文章，标题是《Distinguishing canine parasite genotypes by analysis of the 5S RNA gene》（利用5S RNA基因分析区分犬寄生虫基因型）。
这篇文章的概要这么说： “我们得到了一个惊喜的结果：从基因组水平对线虫进行测序，可以很容易地预测出线虫的感染菌株！更不可思议的是，使用这种方法甚至能分辨出同一感染源的线虫中不同基因型的变异。” 简单来说就是：通过检测病毒RNA就可以知道感染的是哪一个病毒株。
而且更神奇的是，同一个感染源的线虫（也就是寄生虫）里面，不同的个体可能有不同的基因型。 比如下面这张图，显示了3个感染源的蛔目异尖科寄生虫的进化树，可以看到每个感染源都有许多基因型。
虽然这篇文章测的是寄生虫的RNA，但是众所周知，病毒RNA是会转录成蛋白质的。因此这篇论文提到的原理和方法也是可以用来检测病毒的。 而且检测的方法还很先进，叫深度测序（deep sequencing）或全基因组测序（whole genome sequencing）。
这种测序方法可以直接得到序列，省去了传统方法中的克隆和测序步骤，大大提高了效率和准确性。 这个技术现在非常流行，我随便搜到一个关于病毒基因组的数据库，就看到里面有介绍这个方法： 而且这个方法不是研究出来的，已经应用到实践中了。我在一篇Nature Communications的文章上看到这样一段话：“In silico characterization was also used to infer that two independent infections with canine parvovirus had occurred in this puppy.” 这篇论文是关于小狗体内同时存在两个不同基因型的细小病毒的，也是基于对病毒RNA的分析。
总之，通过对病毒RNA的分析，能够实现对病毒株的精准鉴定，甚至能够判断同一个感染源内病毒亚型的差异，这在病毒诊断、病毒溯源等方面有着重要的意义。